秋田県内陸部の北秋田市にあり、古来から霊山として多くの信仰を集めてきた。アスピーテ型火山独得のなだらかな山容の頂上部周辺は、アオモリトドマツなどの原生林が覆う。山頂からは360度の展望で、奥羽山脈をはじめ遠く島海山まで望める。入山コースは、様田コース（こめつがコース）や松倉コース、ヒバクラコースなど複数ある。
旧阿仁町はマタギの里としても知られているが、近年、ヒグマやツキノワグマが飼育されている「くまくま園」があり、観光スポットとなっている。森吉山東麓にある太平湖の湖上遊覧も楽しい。ここに注ぐノロ川を遡行すると、三階滝、桃洞滝などがあり、秘境ムードが味わえる。